使用放置在每個籠子中的飲水瓶或自動澆水系統為動物澆水。雖然通常嚴格控制動物飼料的質量，但對動物澆水的要求不太嚴格。美GG家研究委員會關于實驗動物的護理和使用的指南在許多G家被公認為優質動物護理和使用的標準。它指出：“通常，動物應根據其特殊要求連續獲得新鮮的，可飲用的，未污染的飲用水。”

盡管在某些情況下可以將普通的自來水用于動物澆水，但其組成可能隨時間和季節而變化的事實對于研究人員而言可能是個問題。比較位于不同地理位置的實驗室進行的研究結果時，自來水變化也可能是一個問題。為了獲得一致和可靠的實驗結果，重要的是為實驗動物提供質量一致的飲用水。另外，已知某些動物（例如免疫功能低下的動物）或疾病模型對它們的環境非常敏感，并且需要非常純凈的水。

應避免以下水污染物：

• 有機物
  自來水中可能存在的某些有機物，例如農藥，內分泌干擾物等，會影響實驗動物的健康并干擾正在進行的研究。另外，在氯的存在下，有機物可能形成消毒副產物（DBP），其中一些被認為具有致癌性或影響生殖。有機物也可以被細菌用作營養物質，并導致細菌繁殖。可以通過活性炭和反滲透技術去除有機物。
   
• 細菌
  細菌會造成嚴重的健康問題的動物，在動物設施的主要關切。免疫受損和轉基因的動物對細菌污染特別敏感。例如，銅綠假單胞菌是常見于水中的機會病原體，可能會影響脆弱動物的健康。水中的細菌含量可通過反滲透zui小化。
   
• 重金屬
  高含量的重金屬（銅，鐵，鋅，鉛等）可能會損害健康的動物。這些金屬可以從管道中浸出。反滲透可大大去除水中的離子和金屬。
   
• 硬度和顆粒
  硬水的沉積物和顆粒會損壞自動澆水系統的閥門，并導致動物籠內泄漏。它們還將增加系統維護的需求。

總之，通常建議通過反滲透純化的水用于此應用，因為它可以去除進水中存在的大多數有機物和離子，并提供穩定的水質。自來水的成分可能會隨時間和季節而變化，因此不應用于實驗動物。用離子交換樹脂純化的去離子水可能包含有機物和微生物，因此不建議使用。

為了將動物設施內細菌污染的風險降至zui低，通常在將反滲透水用于給實驗動物澆水之前要對其進行處理。可以使用臭氧處理或紫外線照射，但是zui常用的方法是氯化和酸化。

• 氯化
  氯化是常用的方法。應定期控制水的pH值，因為高pH值氯化效果較差。公認的做法是使游離氯的殘留范圍達到5至12 ppm。
   
• 酸化
  酸化在系統中比氯更穩定，持續時間更長。氯化的缺點是必須使用耐腐蝕的材料。為了有效，pH范圍應在2.6和3之間。如果pH值低于2.5，動物可能會拒jue喝水，因為它們的味道較差。